Sau khi Huyền chết, Hoàn Chấn, Hoàn Khiêm mấy lần tụ quân chống Nghị ở Linh Khê. Tướng của Huyền là Phùng Cai đem quân giúp Chấn, Nghị tiến công, bị Chấn đánh bại, lui về Tầm Dương, chịu miễn quan, sau đó được khôi phục. Lưu Dụ lệnh cho Hà Vô Kị chịu sự chỉ huy của Nghị, Vô Kị không bằng lòng, thường tự ý làm việc. Nghị ghét Vô Kị không nghe lệnh, miễn chức Lang Tà nội sử của ông ta, lấy cớ Vô Kị là Phụ quốc tướng quân, cần chuyên tâm coi việc quân, nên Vô Kị cùng ông bất hòa. Nghị bèn tự nhận lỗi về mình, người thời ấy cho ông là đúng.

Nghị mấy lần cùng Đạo Quy đưa quân ra khỏi Tầm Dương. Hoàn Lượng tự đặt hiệu là Giang Châu thứ sử, ông sai Lưu Kính Tuyên đánh đuổi hắn. Nghị đến Hạ Khẩu. Khi ấy đồng đảng của Hoàn Chấn là Phùng Cai đóng quân ở Đại Ngạn, Mạnh Sơn Đồ chiếm cứ Lỗ Thành, Hoàn Sơn Khách giữ lũy Yển Nguyệt, lên đến vạn người, thuyền hạm nối dài hai bên bờ, thủy lục nương tựa nhau. Nghị đốc quân đánh dẹp, chưa đến Phức Khẩu, gặp gió thổi mất hơn ngàn người. Ông cùng bọn Lưu Hoài Túc, Tác Mạc đánh Lỗ Thành, Đạo Quy đánh lũy Yển Nguyệt, Hà Vô Kị cùng Đàn Chi bày thuyền hạm ở giữa dòng, đề phòng kẻ địch xổng mất. Nghị tự khoác giáp trụ, lên thành nửa ngày thì cả hai nơi đều vỡ, bắt sống Sơn Khách, còn Phùng Cai trốn thoát. Ông tiến quân dẹp Ba Lăng. Triều đình lấy Nghị làm Sứ trì tiết, Duyện Châu thứ sử, tướng quân như cũ.

Nghị ban bố hiệu lệnh nghiêm chỉnh, đi qua các nơi, trăm họ đều yên vui. Nam Dương thái thú Lỗ Tông Chi hưởng ứng ông, tập kích Tương Dương, phá Hoàn Úy. Các cánh quân của bọn Nghị đến Mã Đầu thuộc Giang Lăng. Hoàn Chấn bắt giữ Tấn An đế, ra đóng trại bến sông. Tông Chi lại phá tướng địch là Ôn Giai, Chấn tự đi đánh Tông Chi. Nghị nhân đó soái các cánh quân của bọn Vô Kị, Đạo Quy phá Phùng Cai ở Dự Chương khẩu, thuận gió mà tiến, vào được Giang Lăng. Chấn nghe tin mất thành, cùng Hoàn Khiêm chạy lên phía bắc, Đế được trở về với triều đình. Nghị bắt đồng đảng của Huyền là bọn Biện Phạm Chi, Dương Tăng Thọ, Hạ Hầu Sùng Chi, Hoàn Đạo Cung, đều chém đi. Hoàn Chấn mấy lần cùng Phù Hoành từ Vân Thành tập kích chiếm lại Giang Lăng, cùng Lưu Hoài Túc giằng co. Nghị sai bộ tướng đánh Chấn, giết đi, rồi chém được tướng của Huyền là Hoàn Trân. Ông lại nhổ được Thiên Lăng, chém thái thú của Huyền là Lưu Thúc Tổ ở Lâm Chướng. Nhưng kẻ nắm quân tự đặt hiệu có đến vài chục, Nghị đều đánh dẹp được. Hai châu đã dẹp, triều đình lấy Nghị làm Phủ quân tướng quân. Bấy giờ bọn Điêu Dự làm loạn, đóng quân ở Tương Trung, Nghị sai tướng chia ra đi dẹp, đều diệt được.

Khi xưa Nghị đang để tang ở nhà, gặp dịp khởi nghĩa, bèn khoác áo gai đen làm việc. Đến nay, việc quân tạm ổn, ông dâng biểu xin về Kinh Khẩu, cho trọn việc tang. Triều đình không cho, có chiếu lấy Nghị làm Đô đốc chư quân sự của Dự Châu, 5 quận Hoài Nam, Lịch Dương, Lư Giang, An Phong, Đường Ấp thuộc Dương Châu, Dự Châu thứ sử, Trì tiết, tướng quân, thường thị như cũ, văn vũ trong phủ của ông đều được theo về Tây phủ [2]. Nhờ công nhiều lần khuông phò, được phong Nam Bình quận Khai quốc công, kiêm Đô đốc Tuyên Thành quân sự, cấp 1 bộ Cổ xuy. Lương Châu thứ sử Lưu Trĩ làm phản, Nghị sai tướng đánh dẹp bắt về.

Ngày trước Hoàn Huyền ở Nam Châu dựng một căn nhà Trai, vẽ hình rộng cuộn trên vách, gọi là Bàn Long trai. Tên lúc nhỏ của Nghị là Bàn Long, đến nay, vào sống ở chỗ đấy. Ít lâu sau được tiến hiệu Vệ tướng quân, Khai phủ nghi đồng tam tư.